Construire et visualiser des molécules en 3D
jeudi, 21 août 2008
http://maths-sciences-lp.ac-amiens.fr/273-construire-et-visualiser-des-molecules-en-3d-avec-avogadro.html
Plusieurs outils ont été développés pour permettre aux enseignants et aux élèves de construire puis de visualiser les molécules en trois dimensions.
Cette page vous donne accès à un des ces outils, le logiciel gratuit Avogadro.
Avogadro est un éditeur et un visualiseur avancé de molécules. Il est multi-plateformes et conçu pour le calcul scientifique en chimie, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux et autres champs de recherche connexes. Ses principales qualités sont un rendu flexible et un robuste système de plugins.
Avogadro supporte la plupart des types de fichier de représentation moléculaire. Il peut ainsi servir à visualiser une structure en 3D comme JMol, mais il permet également de concevoir des molécules, atome par atome, sans se soucier de la structure, le logiciel ordonnant lui-même la molécule ainsi formée par calcul des champs de force.
La fonction de visualisation comprend beaucoup d’options : sphères, bâtonnets, fil de fer, …
On peut également faire apparaître des informations comme le nom des atomes, leur taille, les distances inter-atomes, les angles, …
La création de molécules est vraiment simplifiée par l’ergonomie du logiciel et est accessible à des élèves de collège.
Autant il existe pléthore de logiciels de visualisation moléculaire, qu’ils soient libres ou non libres ; autant Avogadro est l’un des seuls logiciels permettant de construire des molécules.
Ce logiciel peut remplacer avantageusement les modèles moléculaires utilisés au collège et au lycée en chimie. La construction n’est pas limitée par le nombre d’éléments dans une boite, ni le nombre de liaisons, et l’étape de calcul des champs de forces permet de mieux comprendre les géométries des molécules.
Une banque de fichiers est disponible sur ce site.